种薯带菌，土壤一般不带菌；病菌先通过切薯块扩大传染，引起更多种薯发病，再经维管束或髓部进入植株，引起地上部发病。田间病菌可通过灌溉水、雨水或昆虫传播，经伤口侵入致病，后期病株上的病菌又从地上茎通过匍匐茎传到新长出的块茎上。贮藏期病菌通过病健薯接触经伤口或皮孔侵入使健薯染病。窖内通风不好或湿度大、温度高，利于病情扩展。带菌率高或多雨、低洼地块发病重。马铃薯黑胫病发生程度与温湿度有密切关系，气温较高时发病重，贮藏期间通风不良、高温高湿有利于细菌繁殖和危害，往往造成大量烂薯。无伤口的植株或已木栓化的块茎不受侵染。