沙糖桔主要病害有柑橘线虫病、黄斑病、溃疡病、黄龙病、炭疽病和疮痂病等；虫害有螨虫、蚜虫、潜叶蛾、粉虱、小绿象甲及凤蝶等。溃疡病一般从三月份下旬到十二月份均有可能发生，每年会有三个高峰期。春梢发病高峰期一般出现在五月上旬，夏梢发病高峰期出现在六月下旬，秋梢发病高峰期在九月下旬。这种病主要危害柑橘树的叶片、枝梢和果实，引起落叶落果，严重时可能导致枯死。沙糖桔甜度高，容易发生上述病害。
