芝麻的田间杂草种类多样，春芝麻产区主要有马唐、牛筋草、绿狗尾草、野燕麦、马齿苋、藜、反枝苋、田旋花、卷茎蓼、大马蓼、本氏蓼、问荆、苣荬菜等；夏芝麻产区包括马唐、稗、千金子、牛筋草、双穗雀稗、鳢肠、空心莲子草、田旋花、刺儿菜等；秋芝麻产区则有马唐、牛筋草、千金子、画眉草粟米草、草龙、胜红蓟、白花蛇舌草、竹节草、两耳草、凹头苋、铺地锦、臂形草、莲子草、碎米莎草等。芝麻田间的杂草种类与地域有关，阔叶和禾本科杂草均可能发生。
为防治芝麻田间杂草，可选用多种除草剂。播种前5-7天，每亩用48%氟乐灵乳油100-150毫升，兑水50公斤施于土表，随即耙土翻埋，混土后才能播种；或在芝麻播种之后出苗之间，每亩用48%拉索乳油150-200毫升兑水75-100公斤喷于土表层；也可用50%乙草胺乳油70-80毫升兑水75-80公斤喷施；或在芝麻出苗之后杂草3-4片叶时，用10.8%盖草能乳油25-30毫升兑水15-20公斤喷施，均能取得较好的预防效果。