玉米小喇叭口期、大喇叭口期、开花抽丝期、籽粒形成期进行药剂处理。玉米柄锈菌喜温暖潮湿的环境，发病温度范围15-35℃；最适发病环境温度为20-30℃，相对湿度95%以上；最适感病生育期为开花结穗到采收中后期。夏孢子在侵入时需高湿，叶面结露，适宜于夏孢子形成和侵入。中国上海及长江中下游地区玉米锈病的主要发病盛期在5-10月，年度间夏秋高温、多湿及多连阴雨的年份发病重。田块间连作地排水不良的田块发病较重。栽培上种植早熟品种、密度过高、通风透光差、偏施氮肥的田块发病重。玉米锈病发病初期可以用苯醚甲环唑，戊唑醇，烯唑醇，丙环唑，醚菌酯，吡唑嘧菌酯等药剂交替使用喷雾防治。见到病叶就摘除，或见到病叶就喷药，越早越好，及时用药。最佳防治时间是大喇叭口期病害发生初期防治。