小麦秸秆还田可能将有害菌带入地下，引发表土病害。病菌以菌丝体形式在病残体或种子胚内越冬越夏，或以分生孢子状态存在于土壤或种子表面，作为初次侵染源。当病残体腐烂时，其中的菌丝体随之死亡。同时，土壤中分生孢子的存活率会随着土壤湿度的增加而下降。
