基础防治措施。选择区域合适的土地种植小麦，避免在长期沾泥或积水的地方种植。选择健康的种子，以确保种子的良好品质和较低的病原体含量。实施合理的田间管理措施，包括适时翻耕、杂草清除和间断轮作等，以减少病原体的存活和传播。生物防治措施。利用天敌或寄生虫来降低病原体的种群密度。例如，可以引入天敌蚜虫来控制可能传播锈病的麦蚜。使用抗病品种或病害抗性基因改良品种进行种植，以提高小麦对锈病的抵抗力。
