冬瓜枯萎病在整个生育期均可发病,主要为害茎。幼苗染病时,子叶变黄,萎蔫下垂,不久干枯,茎基部变褐缢缩,发生猝倒死亡。成株期发病时,茎基部纵裂,常溢出琥珀色胶状物,部分叶片颜色变浅,白天高温时萎蔫,早晚可恢复,全株叶片逐渐萎蔫,植株枯死。湿度大时,病部产生粉红色霉状物,剖开病茎可见维管束变色。苗期发病时,子叶变黄、干枯,幼茎、叶片及生长点萎蔫,根茎基部变褐、缢缩。成株发病初期,部分叶片中午萎蔫,早晚恢复,叶色变淡,随后全部萎蔫。