不能重茬，轮作期3～5年，采用高垄栽培，灌水时浇垄沟，瓜根颈部不能被淹，不能浸泡在水中，切忌串灌、浸灌，更不能水淹瓜蔓，炎热的夏季应在早、晚浇水，灌水的水位线应在瓜沟的2/3为宜。瓜沟内如有积水要及时排除。在病害即将发生时，可用药剂灌根或喷雾。用50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂400～500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或40%乙磷铝可湿性粉剂200倍液，或70%乙磷锰锌可湿性粉剂350倍液灌根，每株灌0.25升，隔7～10天1次，药剂应交替使用。
防治南瓜疫病应避免重茬，保持3至5年的轮作期，并控制好灌水，避免积水淹没瓜蔓。在发病后，采用甲霜灵锰或杀毒矾、百菌清、乙磷铝、乙磷锰锌等药剂进行灌根，并间隔7至10天左右一次，施用时可交替使用，提高药效。
选择地势较高、土质疏松、排水良好的地带植株，最好与小麦或玉米等作为轮作。此病主要采用防治方法，种植前对种子和土壤消毒灭菌处理，平时加强管理，控制温度湿度。
