该病由真菌侵染所致，病原菌可在土壤中、病残体上、未经腐熟的肥料中及种子上越冬。病原菌在土壤中能存活5年左右，可借种子带菌进行传播。病原菌从南瓜根部侵入为害，根部受伤或有线虫为害的伤口，有助于病原菌侵染。菌以菌丝体、菌核或厚垣孢子在土壤或病残体上越冬，苗期病菌可从根部的伤口侵入，也可直接从根毛的顶端细胞间侵入，附着在种子上的病菌，可在种子萌发时直接从幼根侵入，在根部和茎部的薄壁组织中繁殖蔓延，后进入木质部和维管束，向上下扩展，镰刀菌堵塞导管并产生毒素使细胞死亡，幼苗或成株枯萎。空气相对湿度90％以上易染病，病菌发育和侵染适温24～25℃，气温低于12℃，高于25℃，或25～28℃易发病。果实染病主要发生在果实近成熟的糖分积累时期，此外，蚂蚁、农田害鼠咬食或机械伤口多，果实易发病。生产上连作、有机肥不腐熟、土壤过分干旱或质地粘重的酸性土是引起该病发生的主要条件。