缺硼时，辣椒生长点附近的叶片变黄，有时带有红紫色，叶畸形增厚，皱缩，叶缘向下翻卷，症状由上而下发展；根系发育不良，根瘤不发达或停止伸长。缺硼还导致植株茎尖分生组织死亡，生长明显受阻、矮缩，花蕾在发育初期死去；影响开花结果数和花粉形成及受精，造成辣椒落花、落叶、落果。缺硼症状易与缺钙或缺钾症状相混淆。顶部叶片黄绿、扭曲，肥厚、皱缩。植株矮化，花蕾脱落。茎叶变硬、易折断。上部叶片扭曲畸形，果实偶有根毛现象。心叶生长慢，植株呈萎缩状态，叶柄和叶脉硬化易折断。茎内侧有褐色木栓状龟裂。根木质部变黑腐烂，根系生长差，花期延迟，并造成花而不实。花蕾易脱落，影响产量。果实表面有木栓化龟裂，易出根毛。根系不发达，生长点死亡，花发育不全，果实畸形，果面有分散的暗色或干枯斑，果肉出现褐色下陷和木栓化。前半夜温度长期过低（15°C以下）易引起辣椒皱叶型的缺硼症（叶面鲜绿发黄，心叶生长慢，叶缘上卷，叶肉凸起，叶脉下凹，皱缩不平）。辣椒缺硼的症状表现叶片发黄，叶片小，开花结果少，落果多，产量低。