芹菜斑枯病主要以菌丝体在种皮内或病残体上越冬，且存活1年以上。播种带菌种子，出苗后即染病，产出分生孢子，在育苗畦内传播蔓延。在病残体上越冬的病原菌，遇适宜温、湿度条件，产出分生孢子器和分生孢子，借风或雨水飞溅将孢子传到芹菜上。遇有水滴存在，孢子萌发产出芽管，经气孔或直接穿透表皮侵入植株，经8天潜育，病部又产出分生孢子进行再侵染。
病菌以菌丝体潜伏在种皮内越冬，也可在病残体上越冬。潜伏在种皮内的菌丝可存活1年以上。在适宜条件下，病菌在种皮病残体上形成分生孢子器和分生孢子。
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