病原菌在种子萌动期即可侵入，先在种子根和根尖处变褐，后扩展导致根系发育不良或根毛减少，次生根少或无，初生根老化，皮层坏死，根系变黑褐色，并在茎的第一节间形成坏死斑，引起茎部水浸状烂，易断裂，叶鞘也变褐撕裂。夏玉米从出苗至三叶期开始表现症状，先造成玉米幼苗基部1～2叶发黄，叶尖和叶（缘）边干枯，由基部叶片逐渐向上部发展，进而引起心叶卷曲，严重的植株外周叶片干枯，心叶青枯萎蔫，植株死亡。玉米苗枯病会造成根部发育不良，根毛减少，无次生根或少量几条次生根，初生根老化，皮层坏死，根系变黑褐色，并在第一节间形成坏死环状斑；茎基部成水渍状腐烂；基部节间在外力作用下极易出现整齐断裂。