西葫芦菌核病的防治方法包括种子和土壤的消毒处理。在种子栽种前，用52℃温水浸种30分钟或使用种子重量0.4%-0.5%的50%异菌脲悬浮剂进行包衣。定植前，土壤可用40%五氯硝基苯可湿性粉剂或40％福尔马林每平方米20-30ml加水2.5-3L均匀洒于表面，充分拌匀堆置以杀灭病菌。发病初期可使用36%丙唑.多菌灵悬浮剂、50%腐霉利、40%菌核净+50%克菌丹、60%甲硫霉威+70%代森锰锌或50%多菌核可湿性粉剂+50敌菌灵可湿性粉剂喷雾，间隔5-7天喷洒2次。此外，50%乙烯菌核利可湿性粉剂1000倍液可每隔7～8天喷药1次，连续喷2～3次。