防治水稻恶苗病主要措施是水稻种子药剂浸种或包衣剂拌种。水稻恶苗病主要是由种子带菌而造成，所以要进行种子消毒处理。防治水稻恶苗病最有效的措施就是浸种时进行消毒处理。此外，选用抗病品种、加强肥水管理和做好病虫防治也是有效的防治方法。
