病菌以藏卵器和菌丝体在土壤中越冬。来年环境条件适宜时，特别是土壤中水分充足时，产生的孢子囊释放大量游动孢子，通过雨水反溅或灌溉水的传播，从根部的表皮直接侵入，引起初次浸染。经潜育发病后，在受害的部位产生新生代游动孢子，进行多次再侵染，加重危害。萝卜黑根病喜温暖、潮湿环境，秋季且多雨的年份发病较重。
