防治小麦赤霉病应采取以农业防治和减少初侵染源为基础，充分利用抗病品种，及时喷洒杀菌剂相结合的综合防治措施。首先，选育和推广抗病品种是关键。其次，加强农业防治，通过种子包衣、精量播种、科学施肥和清除病残体来消灭或减少菌源数量。药剂防治是小麦赤霉病防治的关键和有效措施。种子处理是防治芽腐和苗枯的有效手段，而喷雾防治则是防治穗腐的关键措施。防治穗腐的最适施药时期是小麦齐穗期至盛花期，施药应宁早勿晚。在小麦的扬花期，如果遇见小麦穗期温度偏高，小麦一边抽穗一边扬花，就需要将施药时间提前到齐穗期。可用纹霉净可湿性粉剂、多菌灵可湿性粉剂、甲基托布津可湿性粉剂、水杨酸多菌灵可湿性粉剂等进行防治。