会柑的病虫害主要有螨类、介壳虫类、粉虱类、柑橘木虱、潜叶蛾、蚜虫类、蚱蝉、天牛类、叶甲类、金龟子类、象虫类、卷叶蛾类、凤蝶类、尺蠖蛾类、花蕾蛆、椿象类、蓟马、吸果夜蛾类等。新会柑常见病虫害包括蚜虫、潜叶蛾、天牛、红蜘蛛、炭疽病、白粉病等。防治原则为“预防为主，综合防治”，积极开展病虫预测预报工作，优先选用农业、园艺、耕作、物理机械及生物防治等综合措施，将病虫害控制在最低水平，达到无公害食品的要求。运用现代生物技术，以植物精华活性材料等生物活性剂作为营养物质及防虫物质。
