番茄细菌性斑疹病病原菌可在番茄植株、种子、病残体、土壤和杂草上越冬，在干燥的种子上可存活20年，可随种子远距离传播。播种带菌种子，幼苗即可发病，幼苗发病后传入大田，并通过雨水、昆虫、农事操作传播，以致导致流行，在田间只要最初有10%植株发病，就可传染整个地块。田间发病后，病原细菌通过雨水反溅、雨露或保护地棚内浇水等传染途径，在植株表面具水滴或水膜的条件下，从植株自然气孔或伤口侵入，在田间进行多次重复再侵染，加重危害。病原菌随病株残余组织、土塘和杂草在田间越冬，病菌在干燥的残余组织内可长期成活，并成为翌年初侵染源。早春温度偏低、多雨，地块处在地势低洼、排水不良，关棚时间过长，植株表面有水滴或湿润状态，是导致番茄细菌性斑疹病发病的重要条件。温度25℃以下、相对湿度80%以上的条件有利于病害发生。