合理施肥可以有效防治大蒜根腐病，大蒜适期播种，加强田间管理，一旦出现大蒜根腐病害，及时冲施或灌根使用微生物菌肥根小子，减少土壤中有害菌的数量，养护大蒜的根系，让大蒜更好的生长。
化学防治：在根腐病发生初期，可选用39%精甲·嘧菌酯悬浮剂50-100毫升/亩，兑水50公斤均匀喷淋茎基部，由于精甲·嘧菌酯具有很好的内吸传导性，能将药剂传输到地下部分，将危害大蒜的病菌杀灭，有效控制病害的蔓延。
