芝麻枯萎病的防治应以预防为主，结合使用抗病品种，采取轮作倒茬等栽培管理措施，配合种子处理及发病初期施药等化学防治方法，以达到防治该病的目的。选用抗病品种，如河南的驻芝一号、驻芝二号，湖北的宜阳白、中芝五号等品种，但要因地制宜的推广种植；实行与禾谷类作物4-5年轮作制；在播种前种子用0.5%的硫酸铜稀溶液浸种30min进行种子消毒；增施肥料，培养健壮的植株，以增强植株抗病能力；防治地下害虫，田间管理时避免伤根，也可减轻病害的发生。
