辣椒根腐病主要危害辣椒根茎部及维管束。发病初期,病株枝叶特别是顶部叶片稍见萎蔫,傍晚至次日早晨恢复;中期症状反复2-4天后,顶部叶片无法恢复,萎蔫向中下部扩散,浇水也无法减轻症状,再经2-3天,全株叶片全部萎蔫,但叶片仍呈绿色。后期病株的根茎部呈淡褐色或深褐色腐烂,极易剥离,露出木质部,维管束变褐色;潮湿时病部长出白色至粉红色黏质物,即病菌的分生孢子梗及分生孢子。