苹果黑点病的发病原因主要有以下几点：不同苹果品种间发病程度有明显差异，斑点落叶病和霉心病发生严重的果园，黑点病也较重。高温高湿是此病流行的重要条件，尤其是果实套袋后至摘袋前，持续干旱或风调雨顺时不易发作，反之则会流行。果园综合管理水平较高的果园发病轻，坡地果园比塬面平地果园发病轻，树体长势强健、枝条稀疏、通风透光条件好的果园发病轻；反之则发病重。
病菌侵染是主要原因之一，粉红聚端孢霉菌、镰孢霉菌等弱寄生菌在套袋后果实处于湿度大、透气差、温度高的环境下易侵染果面形成小黑点。连阴雨天气、地势低洼、高温高湿、树势较旺、树冠郁闭、氮肥施用过多的套袋果园更容易发病。康氏粉蚧危害也是重要因素，其多聚集在萼洼处刺吸果实汁液，造成小黑点并覆有白色蜡粉。此外，缺钙、缺硼也会导致套袋苹果果面出现形似苦痘病斑大小的黑点病。