苹果花腐病菌属于子囊菌亚门真菌，为苹果链核盘菌。病斑上发生的灰白色霉状物为该菌的分生孢子梗及分生孢子。分生孢子梗常3～4枝丛生，不分枝或仅分枝一次，无色。分生孢子念珠状，单生，成熟后分散。大型分生孢子柠檬状，单胞，无色；小型分生孢子球形，单胞，无色。菌核暗褐色，在病组织内由菌丝集结生成，在适宜条件下萌发产生子囊盘，子囊盘漏斗状，褐色，中心凹陷。子囊圆筒形，顶部钝圆，基部略细，无色，内生8个子囊孢子。
苹果花腐病病原菌为一种假单胞杆菌。病菌在病残体上越冬，主要借风、雨水、昆虫、病残体及人工授粉在花期传播。其发生与花期的空气湿度、地形、品种等有密切关系。