实行轮作：轻病田间隔2-3年，重病田间隔4-5年与非茄科蔬菜轮作，最好与瓜类或禾本科作物轮作，能与水稻轮作最好。防止茄科蔬菜相互接茬栽种。[3]。选种抗病品种：品种间对青枯病抗性有一定差异，如早杂2号和通椒1号等较为抗病。[3]。调整土壤酸碱度：微酸性土壤有利于青枯病的发生，微碱性土壤可抑制青枯菌的生长。病田结合整地，每亩撒消石灰50-100千克，然后翻耙地面，调整酸性土质为微碱性，抑制病菌生长，以减轻危害。
及时清除病株控制青枯病蔓延。田间辣椒出现青枯苗时，一定要及时拔除，以免病菌增殖。拔除病株后，洒上生石灰消毒，并対周边植株淋施杜邦全成R750倍液或硫酸农用链霉素1000倍液以杀死土传病菌，达到控制青枯病蔓延。
一是实行轮作。二是改良土壤。三是优化栽培方式，降低田间湿度。四是培育壮苗。五是清除病株。六是发病初期可用硫酸链霉素或30％BT可湿性粉剂或14％络氨铜水剂等药剂喷施，每7～10天喷洒一次，连续防治3次。也可在发病初期，采用灌根法，每株道淋500ml，灌溉时禁止漫灌，避免病菌扩散。
防控辣椒青枯病可选抗病品种、改良土壤、换茬轮作、加强管理及时药防。
青枯病应以预防为主，建议使用新型蛋白农药“信号施康乐”进行预防，新型蛋白农药“信号施康乐”能从内在激发辣椒植株对青枯病、炭疽病、疫病等常见病害的主动防御能力，提升植株对病害抵抗能力，防效达70%以上。
1.提早播种。2.选择排水良好的沙壤土栽培。3.实行三年以上轮作。4.注意排水。
青枯病是土壤传播的一类细菌性病害，病菌的主要侵入途径是通过作物根部的伤口侵染。病菌侵入作物后进入维管束，并通过增殖堵塞输导系统，使水分不能进入茎叶而引起青枯。