小麦黑穗病的症状主要表现为麦穗发生黑霉，导致颗粒无收。小麦腥黑穗病和矮腥黑穗病又称腥乌麦、黑麦、黑疸。病症主要出现在穗部，病株较矮，分蘖较多，病穗稍短且直，颜色较深，初为灰绿，后为灰黄。颖壳麦芒外张，露出部分病粒（菌瘿）。病粒较健粒短粗，初为暗绿，后变灰黑，包外一层灰包膜，内部充满黑色粉末（病菌厚垣孢子），破裂散出含有三甲胺鱼腥味的气体，故称腥黑穗病。病粒比健粒短，外包一层灰白色薄膜，包膜破裂可散出带有鱼腥味的黑粉（厚垣孢子）。小麦同时受腥黑穗病菌和散黑穗病菌侵染时，病穗上部表出腥黑穗，下部为散黑穗。散黑穗病菌偶尔也侵害叶片和茎秆，在其上长出条状黑色孢子堆。