主要被害部位为主根，病斑初为褐色至黑褐色或赤褐色小斑点，迅速扩大呈梭形、长条形、不规则形大斑，使整个主根变为红褐色或黑褐色溃疡状，皮层腐烂，病部细缢，有的凹陷，重者因主根受害使侧根和须根脱落而变成秃根。大豆根腐病的发病症状主要是：发病部位呈褐色斑点，随着病斑扩大，有褐色分泌物渗出。根腐菌刚刚寄生在大豆根部时，土壤上半部分不会有太大病变，大豆根部会出现不明显的斑点，但随着根腐病停留时间延长，入侵越严重，病变越明显，大豆根部会出现较大斑点，斑点逐渐扩大，最终漫及整个根部。成株大豆上半部分也会显现出较严重的症状，苗个头矮小，整株呈现营养不良现状，结荚数极少，大豆粒小而干瘪。主要发生在大豆根部，幼苗或成株初期茎基部或胚根表皮出现淡红褐色不规则小斑，后变红褐色凹陷坏死斑，绕根茎扩展致根皮枯死，受害株根系不发达，根瘤少，地上部矮小瘦弱，叶色淡绿，分枝、结荚明显减少。