辣椒病毒防治可在幼苗生长期或病毒发生初期，选用3.95%病毒必克水剂500倍液+0.15%芸苔素5000倍液或2%菌克毒克（宁南霉素）水剂250～300倍液+三十烷醇粉剂500倍液。辣椒病毒病可用盐酸吗啉胍＋速渡＋天宝+绿亨106。混发病害可用绿亨3号＋速渡＋天宝+吡蚜呋虫胺。
在辣椒分苗、移栽定植和每次中耕前3天-5天，喷洒叶连叶、吗啉胍乙铜、菇类蛋白多糖水等药剂来进行预防，同时可加入防治刺吸式口器害虫的药剂，如吡虫啉、啶虫脒等，隔10天左右1次，连续防治3-4次；在发病前或发病初期也可选用叶连叶产品来防治，该产品吸除了含量三氮唑和吗啉胍外，含有钙、铜、锰、锌微量元素，可在治病的同时增强辣椒抗病能力。如果发病严重的植株可直接拔除，带出田外处理。
辣椒在种植的过程中应进行灭菌处理，防止死苗烂苗现象发生。播种时要用磷酸三钠进行种子消毒，之后要治虫防病。