辣椒青枯病的防治方法如下：
在发病初期开始用药液灌根，每株用药液200克左右，每隔7-10天灌1次，连续灌2-3次。绿色防治用药可选20%噻菌铜悬浮剂（龙克菌）300-400倍液、6%春雷霉素可湿性粉剂300-400倍液、72%新植霉素粉剂3000-4000倍液、72%农用硫酸链霉素水溶性粉剂3000-4000倍液等浇根防治。常规防治用药可选72.2%霜霉威水剂（霜危、普力克）800-1000倍液、30%DT可湿性粉剂600倍液等浇根防治。
在发病初期，一般可以用6%春雷霉素可湿性粉剂300-400倍液、72%新植霉素粉剂3000-4000倍液、72%农用硫酸链霉素水溶性粉剂3000-4000倍液等药剂灌根，每株灌药液0.5升，每10天1次，连续灌溉3-4次。
辣椒青枯病一般用嘧菌酯＋甲基托布津防治。在种植前还可以对种子进行消毒来防御此病发生。轻病田间隔2-3年，重病田间隔4-5年与非茄科蔬菜轮作，最好与瓜类或禾本科作物轮作，能与水稻轮作最好。防止茄科蔬菜相互接茬栽种。