枸杞子营养丰富，但也是一种难保存的产品。常因环境条件影响，出现生虫、发霉、变色等现象。贮存时应注意控制含水量、温度、空气中含氧量，并防虫、灭虫。保存方法包括：将枸杞装入保鲜袋，放入冰箱冷藏，温度保持在0~4度；使用食品干燥剂保存；或采用塑料真空保鲜。此外，枸杞果在烘、晒过程中需较长时间，消耗能源或受自然天气限制，增加了加工成本。
