（1）选用抗病自交系，培育抗病杂交种是首要防治措施。（2）加强栽培管理，合理施肥，合理密植，降低土壤湿度等措施可以使植株健壮，减少茎腐病。（3）合理轮作，深翻土地，病残和不施用未腐熟的有机肥，可以减少田间菌源，达到一定的防治效果。
玉米茎腐病采取化学防治，建立无病种田，轮作，低洼潮湿的田块忌种，播种前药物浸种。
玉米茎腐病防治是农业防治和药剂防治。选用抗病品种，合理施肥，合理密植，降低土壤湿度等措施可以使植株健壮，减少茎腐病。合理轮作，深翻土地，清除病残和不施用未腐熟的有机肥。科学安全选用农药，预防与治疗相结合。