该病属于一种生理病害，一般认为是由于缺钙引起，即植株不能从土壤中吸收足够的钙素，加之其移动性较差，果实不能及时得到钙的补充。当果实含钙量低于0.2%时，致使脐部细胞生理紊乱，失去控制水分能力而发生坏死，形成脐腐。在多数情况下，土壤中不缺乏钙元素，主要是氮肥等化学肥料使用过多，使土壤溶液过浓，影响钙素吸收。此外，也有人认为此病是因生长期间水分供应不足或不稳定引起的，即在花期至坐果期遇到干旱，番茄叶片蒸腾消耗增大，果实特别是果脐部所需的大量水分被叶片夺走，导致其生长发育受阻，形成脐腐。
在中国上海及长江中下游地区，番茄脐腐病的多发季节主要在5-9月。通常在植株结果期，外界高温干旱，西南风向的热燥风大，植株因缺水导致吸水能力减弱，发病严重；还常发生在多雨季节过后接连干旱，特别是在梅雨过后突然干旱也常导致发病。田块间土壤中氮肥偏多，营养生长过旺导致土壤缺钙，果实不能及时得到钙的补充，能引发病害。栽培上施用未腐熟的有机肥料或施肥过重过浓引起烧根或根系发育不良，使根系的正常吸水能力受影响，均易发病。