萝卜软腐病主要为害萝卜根、茎、叶柄或叶片，多在肉质根膨大期开始发病。发病初，植株外叶萎蔫，早晚还可恢复。严重时，叶萎蔫不能恢复，叶柄基部及根茎髓部完全腐烂，呈黄褐色黏稠物，发生臭气。根部多从根尖开始发病，刚开始出现油渍状的褐色病斑，随后根变软腐烂，继而向上蔓延使心叶变黑褐色软腐，烂成黏滑的稀泥状；肉质根在贮藏期染病亦会使部分或整个萝卜变黑褐色、发软、腐烂。
叶片受害后，地上部茎叶被软腐病危害，叶片成片的变黄萎蔫，叶柄的基部溃烂，终造成地上部枯萎，失去生长能力。根部受害初期，胡萝卜肉质根表面产生污垢状的小斑点，随着病情的加重，小斑点扩展成为不规则的水渍状褐色病斑，当外界湿度大时，病斑上生有污白色蛛丝状菌丝。一般病斑先是在肉质根的上半部出现，然后向上扩展至叶柄基部，叶柄基部随后变为褐色，呈立枯状。当发病严重的时候，肉质根组织软化、腐烂，汁液外溢。