西瓜枯萎病目前尚无特效药，主要采取预防措施。可以使用多菌灵等杀菌剂进行防治。具体方法包括：用多粘类芽孢杆菌20克加地衣芽孢杆菌20克兑水15公斤喷雾或灌窝，效果明显。也可使用70%的纯甲基托布津25克兑水，或500倍液的多菌灵进行灌根防治。同时，土壤应保持湿润但不过湿，排水沟深度应控制在35-40公分左右。
