（1）叶片。发病初期叶脉透明，几天后成为花叶，病形成黄绿或深绿泡斑，叶面常皱缩不平，出现各种畸形，明显变窄；有的病叶粗糙呈革质，绒毛脱落；有的叶基变长，侧翼变狭变薄，呈现绷紧状态，叶尖细长，呈“鼠尾状”；有的病叶叶缘向上卷曲。有时叶脉出现深褐色坏死，或沿叶脉出现坏死。（2）植株。早期受侵染的病株强烈矮化，高度不及健株的1/2，根系发育不良。
黄瓜病毒病发病症状初期生长顶端叶片发黄、卷曲，顶端生长慢等。
幼苗期感病，子叶变黄枯萎，幼叶为深浅绿色相间的花叶，植株矮小。成株期感病，新叶为黄绿相间的花叶，病叶小，皱缩，严重时叶反卷变硬发脆，常有角形坏死斑，簇生小叶。病果表面出现深浅绿色镶嵌的花斑，凹凸不平或畸形，停止生长，严重时病株节间缩短，不结瓜，萎缩枯死。