大葱灰霉病的防治方法包括选用和培育抗病品种，合理密植和实行轮作。在田间管理方面，应多施有机肥，适量增施磷、钾肥，少施氮肥，以增强植株抗病力。同时，勤中耕确保葱田通风透光，雨季及时排涝，防止高湿低温条件出现。药剂防治可在发病初期使用50%速克灵可湿性粉。对于斑潜蝇危害，可使用阿维菌素或灭蝇胺加有机硅喷雾防治。干尖疑似疫病时，可交替使用烯酰吗啉或甲霜灵锰锌。此外，降低田间湿度，及时喷施凯泽、异菌脲等药剂也是有效的防治措施。
