水稻立枯病在发芽或刚出土时发生，幼苗的幼芽或幼根会变为褐色，扭曲、腐烂而死，种子或芽基部生有霉层。幼苗立针期到2叶期会出现叶片枯黄、不展开，基部变褐，叶鞘上生有褐斑，病根逐渐变为黄褐色，茎基软弱，易折断等症状。1）、芽腐型：幼芽出土前，种子或芽基部有白色或粉色霉层。（2）、基腐型：立针到2叶期，病苗心叶枯黄，基部变褐变软，根坏死，茎基腐烂易断，秧田中成片发生。（3）、黄枯型：3叶期前后，病苗叶尖不吐水，心叶卷曲逐渐萎蔫枯黄，根变褐、茎基部变褐、甚至软腐，拔苗时易连根拔起或心叶易折断，在苗床中间部分成簇成片发生。