盐碱地对水稻的危害主要是由于土壤盐碱浓度或灌溉水中含盐碱量的上升而引起。盐碱地对水稻的危害是多方面的，一方面可直接对水稻发生危害，另一方面则是破坏土壤结构间接地对水稻发生危害。盐碱地对水稻的直接危害，主要由于盐土中含有氯化钠(食盐)、硝酸钠(芒硝)、氯化镁(氯苦)和硫酸镁(泻盐)。盐碱影响水稻根对水分和养料的吸收，破坏土壤结构，造成耕作困难，根系发育不良。盐碱地使溶液浓度加大，根系呼吸困难，不利于水稻正常生长，导致水稻产量低。盐分对水稻有生理毒害作用，土壤含有较多盐分，水稻在吸收水分和养料的时期吸收大量盐类就会中毒，降低生活能力，抑制生长，推迟发育，甚至死亡。碱性强，有效养分少，水稻的正常生长发育要求土壤一般偏酸性较适宜。碱性过强，降低了土壤养分的有效性，妨碍土壤养分的正常转化，使水稻生长发育因吸收不到足够的养分而受到影响。同时，碱性过强易腐蚀根系，不适宜水稻生长。