茄子枯萎病的防治方法主要以农业防治和化学防治为主。农业防治主要有清洁田园，及时清除病株，集中烧毁；采收结束后清除田间残株落叶，集中处理，防止病害扩散，减少病菌基数。合理轮作。与非寄主植物实行3年以上轮作，如与葱蒜类、水稻等，可有效地减少土壤中的病原菌数量，也可显著提高养分的利用率。再结合化学药剂防治。
首先要轮作，其次要选择抗性强的品种，第三感病前采用农抗120或抗枯宁提前介入防治。
防治茄子枯萎病，首先要选种抗病品种、做好种子消毒、培育无病壮苗，其次要合理轮作倒茬、建立科学合理的耕作制度，第三要加强田间管理、防止田间积水、控制田间湿度，第四要在初发病时用腐霉利、瑞毒霉、吡唑醚菌酯、甲基托布津、多菌灵、腈菌唑等农药田间交替喷雾防治。