防治芝麻疫病，应选用抗病品种，采用高畦栽培，雨后及时排水，实行轮作制度，并适当提高种植密度。发病初期可喷洒58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液、50%甲霜铜可湿性粉剂500倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂400倍液、72%杜邦克露可湿性粉剂800~900倍液或69%安克锰锌可湿性粉剂1000倍液。种子处理可用五氯硝基苯加福美双拌种（1:1），用药量占种子重量的0.5-1%；或用0.5%硫酸铜溶液浸种0.5小时。发病初期喷1:1:100倍式波尔多液，或25%甲霜灵500倍液，连续2-3次。