油菜菌核病的防治可以采用咪鲜胺、使百克等特效药。咪鲜胺的最佳用药时期是油菜花的盛花期。此外，种植前的农业防治措施也非常关键，包括培育抗病品种和对种子表皮进行菌核消除，以从根源上防止病害的发生。常用的防治药剂有：40%菌核净可湿性粉剂1500～2000倍液、50%速克灵可湿性1500-2000倍液、50%托布津可湿性粉剂400倍液、50%多菌灵可湿性粉剂800倍。
