萝卜黑腐病主要在秋季发生，适宜发病的气温为15℃~21℃，多雨、结露时间长时易发病。在十字花科蔬菜重茬、地势低洼、排水不良、播种早、发生虫害的地块发病较重。病菌在种子、田间病残体以及种株上越冬，种子带菌是主要来源，通过灌溉水、雨水及虫伤或农事操作造成的伤口传播蔓延。多雨结露、平均气温在15.1℃～20℃时危害较重。地势低洼、浇水过多、排水不良、早播、与十字花科蔬菜连作、中耕施肥时伤根以及虫害严重、施用未腐熟肥料均有利于病菌的传播，加重发病。贮藏期高温也能使病害加剧发展。
引起萝卜肉质根黑心的主要原因是因各种因素导致的根组织缺氧所致。萝卜田如大量施用未腐熟或腐熟不好的有机肥，尤其是圈粪，或者地块杂草、残枝败叶未及时清理，或旋耕入土，短时间内种植，使土壤中微生物活动旺盛，消耗氧气过多，易造成根部窒息，部分组织会因缺氧而发生黑皮或黑心。萝卜地长期湿度过大，如低洼地块，或雨后一定时间地面积水，也易造成根部窒息导致缺氧而发生黑皮或黑心。