贮藏过程中，温度是影响休眠期的重要因素，尤其贮藏初期的低温对延长休眠期十分有利。马铃薯在2℃以下会发生冷害，但专供加工煎制薯片或油炸薯条的晚熟马铃薯应贮藏于10—13℃条件下。贮藏时应避免阳光照射，因为光能促使萌芽，同时会使薯块内的茄碱苷含量增加。正常情况下，薯块的茄碱苷含量不超过0.02%，对人畜无害，但在阳光下或萌芽时，其含量会急剧增加，若误食则对人畜有毒害作用。
