油菜菌核病是一种真菌性病害，主要以菌核在种子、土壤和油菜病残体中越冬。每年10～12月，土壤湿度较大时，少数菌核可直接萌发，生出菌丝侵染油菜幼苗，并以菌丝在油菜植株内越冬。次年2～3月，随着气温的升高和雨量的增多，土壤中的菌核大量萌发，侵染油菜衰老的叶片和花瓣，长出菌丝体，致油菜被感染组织腐烂变质。油菜的茎、叶、花、角果均可受害，以茎部受害最重，病茎内髓部腐烂成空腔，内生很多黑色鼠粪状菌核。菌核在土壤中的存活量随着时间的延长而锐减，在高湿、长期泡水的田中死亡更快。一般连作油菜较水早轮作油菜的发病率高一倍以上。轮作油菜的发病率还与轮作年限和换荐作物等有关。与禾本科作物轮作年限越长，病害越轻。此外，施用未腐熟的油菜病残体作肥料和播种带菌种子，都会增加田间菌源数量而加重发病。