玉米黑穗病病菌以散落在土中、混入粪肥或黏附于种子表面的冬孢子越冬，以土壤传播为主。在玉米3叶期以前，土壤温度21～28℃，湿度在中度偏旱时最有利于病菌侵入。4～5叶期以后再无侵染。当种子发芽时，病菌也萌发，侵染幼苗，随植株的生长，最后破坏穗部，成为黑粉。连作地、耕作粗放、覆土过厚、土壤干燥都有利于侵染发病。病菌以冬孢子在土壤或粪肥或沾附在种子表面越冬，冬孢子在土壤中能存活2－3年以上，病害无再次侵染。
