尽量防止运用带菌土壤，苗床进行消毒床土每平方米床土用50％多菌灵或50％托布津8-10克拌入10-15千克干细土内，相同用80％作垫土，20％作盖土；不运用未腐熟肥料；做好苗床的通风透气管理工作；发病前喷75％百菌清或70％敌克松600倍液；发病后，撒草木灰或干细土并清除病苗。本病可结合猝倒病一并防治。病菌生长适温17—28℃,地温16—20℃适其发病,播种过密、土壤忽干忽湿、间苗不及时或幼苗徒长、造成通风不良、湿度过高易诱发本病。中国上海及长江中下游地区辣椒立枯病的主要发病盛期在1-3月。年度间早春多寒流、多阴雨或梅雨期间多雨的年份发病重；晚秋多雨、温度偏高的年份发病重。苗床间旧床、排水不良的发病较早较重。栽培上用种过密、通风透光差的、浇水过多、氮肥施用过多的苗床发病重。