病原菌主要以菌丝体在寄住病残体上或种子上越夏、越冬，也可在土壤中营腐生生活而越冬。春天，在病残体上形成子囊壳，条件适宜时子囊壳释放子囊孢子，借气流、风雨传播，溅落在花器凋萎的花药上萌发，先营腐生生活，然后侵染小穗，几天后产生大量粉红色霉层，经风雨传播引起再侵染。
小麦赤霉病是气候引起的病，主要发生在连阴雨天气，空气潮湿，土壤含水量大，土地上农作物秸秆较多的麦田，病菌是通过潮湿空气传播，主要发生在小麦齐穗期至扬花期，麦穗发病后，烂穗、白穗，揉开麦穗，籽粒有褐红色、黑色霉斑小麦赤霉病生产上以穗腐为害最大，。
病原菌在病残体上越冬，条件适宜释放子囊孢子，通过气流，雨水等传播。
小麦赤霉病主要是种子传播，田间患病的残柱传播，杂草传播。
种子传播是小麦赤霉病的重要传播途径，故小麦良种繁育一定要做好产地检疫。