豆根蛇潜蝇成虫刺破和舐食大豆幼苗的子叶和真叶，取食处呈枯斑状。幼虫孵化后蛀入幼苗根部取食，为害主根的皮层和本质部，造成伤痕。植株根部受害表现为根系不发达，根变粗、变褐，皮层开裂或畸形增生，或生肿瘤。受害植株地上部表现为幼苗生长势弱，植株矮小、叶色淡黄。主要在大豆苗期进行危害，食性单一，只危害大豆和野生大豆，幼虫在大豆苗根部皮层和木质部钻蛀危害，并排出粪便，造成根皮层腐烂，形成条状伤痕。受害根变粗、变褐、皮层开裂或畸形增生，幼虫的粪便和取食刺激韧皮组织木栓化，形成肿瘤，导致大豆根系受损伤而不能正常生长和吸收土壤中的各种营养成分。