西瓜炭疽病的病原为葫芦科刺盘孢，是属半知菌亚门真菌。病菌以菌丝体和拟菌核寄生在病残体上在土壤内面越冬，西瓜种子也可携带病菌传播。在土壤里越冬后的菌丝体便产生大量的分生孢子，成为新的侵染源。在西瓜田间，炭疽病分生孢子凭风雨和昆虫以及农业操作进行大量传播。炭疽病孢子萌发最适宜气温在22～27℃间，菌丝生长的最适温度是24℃。炭疽病菌在高温高湿环境中，侵入西瓜幼苗只要3天，就能表现出症状。温度超过30℃，相对湿度低于60%，病势发展缓慢。温度高出32℃，或相对湿度在54%以下，炭疽病不能发生。
防治方法包括选择抗病性强的品种，做好水肥管理，使用多菌灵、百菌清等进行防治。发病初用80%百菌清或50%多菌灵800一1200倍液均匀喷雾。预防西瓜炭疽病常用的药剂有：10%苯醚甲环唑可湿性粉剂每亩60-70g,或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂500-700倍液，或80%多菌灵可湿性粉剂500-700倍液，或50%福·甲硫可湿性粉剂每亩100.15摊，或65%代森锌可湿性粉剂500倍液，或10%苯醚甲环哇水分散粒剂1500倍液等。此外，种子消毒、土壤消毒、托布津、多菌灵、可杀得、密菌脂交替使用，根灌或者喷雾也是有效的防治措施。选用抗病品种，种植清洁棚室消毒，用无病苗定植。种子消毒，培育无病壮苗。实行轮作，合理施肥，减少氮素化肥用量，增施钾肥和有机肥料。地面全面覆地膜并要加强通风调气，降低室内空气湿度至70%以下。合理密植，科学整枝，防止密度过大，以降低室内小气候湿度。科学使用杀菌农药。