防治西瓜枯萎病的方法主要包括农业防治和化学防治。首先，应实行轮作倒茬，与禾本科作物实行5-6年轮作，有条件时可采取水旱轮作，以降低病菌基数。选用抗病品种，科学配肥，加强栽培管理，选择地势较高、排灌良好、肥沃的沙质壤土地，并施足底肥。在化学防治方面，可以使用5%菌毒消100-200倍液在移栽后缓苗期灌根，或使用10%双效灵水剂200倍液、5%治萎灵水剂200倍液、70%敌克松可湿性粉剂1000-1500倍液在植株根部及其附近浇灌，每株灌药液300毫升，一般灌2-3次。此外，还可以使用50%的多菌灵可湿性粉剂500倍液加护树将军混合液灌根，或选用苯来特、70%甲基托布津、敌克松500-1000倍液加新高脂膜800倍液在植株根周围浇灌，每株用药200-250毫升，间隔期7-10天，共灌2-3次。在种子处理方面，可以使用55℃温水浸种15分钟后，再用75%百菌清可湿性粉剂或50%扑海因可湿性粉剂1000倍液浸种2小时，冲净后催芽播种。此外，生物防治也是一个有效的方法，如使用木霉素等拮抗菌拌种或土壤处理。在发病初期，可以使用70%敌克松500倍液、95%恶霉灵3000倍液、50%代森铵液、600倍灭枯杀手加甲基托布津溶液、络氨铜、抗枯灵、苯来特、农抗120等药剂进行喷雾、涂茎、灌根，或使用40%瓜枯宁1000倍液灌根或喷雾。同时，也可以使用杀毒矾、多抗灵、甲基托布津或百菌清进行防治。