多年连作、地势低洼、排水不良、大水漫灌、栽培过密、偏施氮肥、通风不良都易发生大豆菌核病。该病在阴雨连绵的年份发生重，地势低洼和重茬地发生重。此外，施有氮肥过多，大豆生长繁茂，茎秆软弱，倒伏地段发生重，过度密植田发病率重。扬花期长的品种更容易感病。宽垄种植，株间增加通风，可以减轻病害。
